De regeling maakt het mogelijk om voor twee fases een subsidieaanvraag te doen, te weten fase A en fase B. De regeling voorziet in de mogelijkheid om subsidie aan te vragen voor activiteiten die een positieve bijdrage leveren aan het versterken van het duurzaam verdienvermogen (fase B). Om kansrijke aanvragen voor deze projectvoorstellen voor fase B te ondersteunen, bestaat ook de mogelijkheid om voorafgaand aan fase B subsidie aan te vragen voor fase A. In fase A kan subsidie worden aangevraagd voor het uitvoeren van onderzoek naar de technische en economische haalbaarheid van mogelijke projectvoorstellen en het opstellen van een aanvraag voor fase B. Fase A is niet verplicht. Er kan ook meteen een subsidieaanvraag voor fase B worden ingediend.
Om te komen tot de best mogelijke subsidieaanvraag in beide fases doorloopt de potentiële aanvrager een quick scan bij RVO. Op deze wijze is het mogelijk voor de aanvrager om in een vroegtijdig stadium in het aanmeldproces een eerste verkennend gesprek te voeren met RVO, die de regeling krachtens mandaat namens de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties uitvoert, en van RVO feedback te ontvangen op een eerste beschrijving van een mogelijke aanvraag. Hierdoor krijgt de potentiële aanvrager in een vroege fase op laagdrempelige wijze inzicht in de mate van aansluiting van het projectvoorstel bij de regeling en wat eventuele aandachtspunten zijn om te komen tot een subsidieaanvraag die mogelijk binnen de regeling past.
Voor subsidieaanvragen in zowel fase A als fase B geldt dat deze op volgorde van binnenkomst worden beoordeeld. De volgorde van binnenkomst is bepalend voor de volgorde waarin men in aanmerking kan komen voor de verdeling van het van toepassing zijnde subsidiebudget. Alleen volledige aanvragen komen in aanmerking voor een inhoudelijke beoordeling.
Er is een Adviescommissie Versterking duurzaam verdienvermogen ACS en BES (hierna: adviescommissie) die tot taak heeft om de minister te adviseren over investeringsvoorstellen voor het beschikbaar stellen van financiële middelen op grond van de regeling. De adviescommissie opereert onafhankelijk en beslist over haar eigen werkwijze in het kader van advisering over voorstellen. De adviescommissie stelt hiertoe een analysekader op en maakt dat openbaar. De adviescommissie beoordeelt voorstellen op hun (beoogde) impact op het verdienvermogen, kwantitatief en kwalitatief, afgezet tegen de investeringskosten en binnen de randvoorwaarden van de regeling. Daarbij is het uitgangspunt dat voorstellen worden geselecteerd die op een doelmatige en doeltreffende wijze bijdragen aan de doelstellingen van de regeling. Het advies van de adviescommissie over de ingediende voorstellen is zwaarwegend.
De adviescommissie adviseert verplicht over de vraag of er voldoende vertrouwen bestaat dat de activiteiten in fase B direct of indirect een positieve bijdrage zullen leveren aan het versterken van het duurzaam verdienvermogen. Het advies van de adviescommissie vermeldt dat er sprake is van voldoende vertrouwen of dat er onvoldoende vertrouwen is in een projectvoorstel. In dat laatste geval kan de minister besluiten subsidie te verlenen.